水性環氧涂料的優點是顯而易見的，但也存在以下一些缺點：
(1)與有機溶劑相比，水的蒸發熱高，這就要求有另外的手段來幫助水的蒸發。在低溫和高濕情況下，水的蒸發更侵，使表干時間延長；
(2)水的表面張力較高，這對基材和顏填料的潤濕造成因難，尤其是除油不干凈的底材更難潤濕，需加入基材潤濕劑來提高水性環氧樹脂涂料對基材的潤濕性；
(3)顏填料在水性環氧涂料中的分散穩定性較溶劑型涂料差，易于聚集沉淀；
(4)水的導電率高，易使金屬腐蝕，在涂膜干燥過程中發生的閃蝕問題，但用閃蝕抑制劑和活性顏料配合使用，可解決此問題
能與其它水性聚合物體系混合使用，在性能上但也存在以下一些缺點：
(1)與有機溶劑相比，水的蒸發熱高，這就要求有另外的手段來幫助水的蒸發。在低溫和高濕情況下，水的蒸發更侵，使表干時間延長；
(2)水的表面張力較高，這對基材和顏填料的潤濕造成因難，尤其是除油不干凈的底材更難潤濕，需加入基材潤濕劑來提高水性環氧樹脂涂料對基材的潤濕性；
(3)顏填料在水性環氧涂料中的分散穩定性較溶劑型涂料差，易于聚集沉淀；
(4)水的導電率高，易使金屬腐蝕，在涂膜干燥過程中發生的閃蝕問題，但用閃蝕抑制劑和活性顏料配合使用，可解決此問題。